Identificación de polimorfismos de nucleotido simple (SNP), en genes candidatos a características de fibra y color de vellón en alpacas Huacayo

Abstract

El mejoramiento genético de alpacas Huacaya requiere de herramientas moleculares que permitan optimizar características de alto valor comercial como la fibra y el color del vellón. En este contexto, el objetivo de la presente investigación fue identificar polimorfismos de nucleótido simple (SNP) en genes asociados a dichos rasgos fenotípicos. El estudio se desarrolló en 2019 en el distrito de Macusani, provincia de Carabaya (Puno), donde se analizaron genomas de 25 alpacas pertenecientes a Rural Alianza y SPAR Macusani mediante secuenciación de nueva generación (NGS). Se prepararon librerías de ADN con el kit Celero DNA-Seq a partir de muestras de sangre y se secuenciaron en la plataforma NovaSeq6000 de Illumina. El análisis bioinformático incluyó control de calidad (FastQC y MultiQC), alineación al genoma de referencia VicPac2.0.2 (BWA-MEM), llamada de variantes (FREEBAYES) y anotación funcional (SnpEff). Las librerías mostraron alta calidad, con más del 80 % de cobertura genómica y una profundidad promedio de 38X, identificándose 90 SNPs en 23 genes candidatos relacionados con fibra y color (7 en regiones promotoras y 83 en regiones codificantes). En conclusión, se seleccionó un panel de 31 marcadores distribuidos en 16 genes específicos lo cual constituye una herramienta molecular valiosa para futuros estudios de asociación genética aportando así conocimientos aplicables directamente a los programas de selección asistida por marcadores y mejoramiento de alpacas en la región Puno.